在有機肥的發酵過程中，好氧發酵是非常重要的。在嚴格的發酵過程中，空氣滲透性的好壞直接影響厭氧菌或好氧菌的繁殖。
好氧發酵溫度越高，厭氧發酵溫度越低，進氣越多，溫度越高，溫度越低；空氣越多，微生物繁殖越多，反而越少，細菌蛋白不一定優于植物蛋白質等等。
好氧發酵和厭氧發酵的區別
1.在發酵殘渣飼養動物的過程中，應盡量采用厭氧發酵法（壓實和密封），以避免高溫高熱現象，避免消化能代謝能的損失和維生素的流失等。
2.在堆肥和肥料的發酵過程中，需要好氧發酵產生大量的熱量和溫度，從而消耗材料中的能量，以免在今后制肥時引起根系燃燒。
3.發酵原料越松散（啤酒糟、稻草、小麥面筋和稻殼、殼粒、稻草），在原料中儲存空氣越容易，發酵和產生熱量就越容易，發酵溫度越高。這些材料必須壓實和壓實（有機肥除外）。
4.雞糞本身含有較多的非蛋白氮和較低的真蛋白率，因此，與其它渣土發酵相比，必須進行一定的好氧發酵，才能使微生物適當繁殖，使微生物吸收非蛋白氮，轉化為細菌蛋白，提高真蛋白率。
5.如果有持續的空氣供應進入供連續有氧發酵的材料，它最終將耗盡材料中的所有可用能量，而肥料可能（不會燒掉根），但為了發酵喂養動物的目的，這是災難性的（能量是動物最重要的營養之一），這是不好的。
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