牛糞發酵要做到無害化處理程度才可以放心使用，發酵過程中消滅了其中的病菌病毒，寄生蟲，雜草種子，消除能量以免將來作肥料時燒根。
牛糞發酵腐熟處理的方法舊社會和現在不一樣。
一、舊社會傳統牛糞發酵方法
在舊社會時，牛糞發酵采用自然堆肥發酵，把牛糞堆成一堆，用泥封住表面，牛糞便中的有機物會在微生物的發酵過程中分解。
牛糞便自然腐熟需要多少時間，水分合適的情況需要三個月以上，水分不合適半年以上也不一定能腐熟好。牛糞腐熟是要有合適的水分、溫度，要有前提條件的，牛糞腐熟時間長了會引起營養的揮發。
二、現在社會最新牛糞發酵方法
按要求將牛糞發酵劑、主料和輔料全部混合均勻，堆料高度1米，環境溫度15℃以上。堆溫升至60℃時開始翻倒，每天一次，如堆溫超過65℃，再加次翻倒。牛糞腐熟的標志是堆溫降低、物料疏松、無物料原臭味、稍有氨味、堆內產生白色菌絲，這時就可以直接使用了。
傳統牛糞發酵（露天）達到腐熟的時間常需1～3個月，其周圍惡臭難聞，蚊、蠅大量滋生，環境污染十分嚴重。
國內外的研究出用牛糞發酵劑快速發酵表明，向牛糞便中添加特定的微生物菌群，能有效促進有機物降解，加速牛糞便腐熟速度，同時有利于消除致臭物質，減輕對環境的污染。
牛糞發酵劑能夠強烈分解蛋白質、纖維素、半纖維素、木質素等，并將嗜熱、耐熱細菌、真菌、酵母菌菌株及相關分解酶復合而成，其有效活菌數含量高，降解能力強，同時能夠達到升溫、除臭、消除病蟲害、雜草種子和提高養分的效果。
在適宜的條件下，能迅速將堆料中的碳、氮、磷、鉀、硫等分解礦化，形成簡單有機物，從而進一步分解為作物可吸收的營養成分。
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