牛糞堆肥發酵是利用有益微生物分解有機廢棄物中的有機物，牛糞發酵的快慢取決于以下幾個因素：

　　（1）水分：牛糞堆肥發酵的干濕程度顯著影響分解速度，有機肥的水分以60-75%最好，如果用糞便或者餐廚垃圾進行堆肥，需先用固液分離機進行脫水處理，用含水率低的有機廢棄物發酵，需使用噴淋機增加其含水率。

　　（2）空氣：牛糞有機肥發酵一般使用好氧堆肥發酵方式，使用翻堆機上下翻拋，可以很好的增加料堆的含氧量，有利于好氣性微生物活動，加快有機物的分解，但損失有機質及氮較多；牛糞有機肥發酵也有采用厭氧發酵，在厭氧的環境下，有利于嫌氣微生物活動，分解慢，但有機質及氮損失少。因此，堆積時不宜太緊，也不宜太松，可用通氣溝或通氣管來調節其空氣。

　　（3）溫度：堆內溫度的高低度，影響不同微生物群落的活動。高溫堆肥需要55-65℃高溫期維持1星期以上，促使高溫性微生物分解有機質，以加快和加強分解，以后慢慢降溫，堆肥在中溫性微生物的作用下分解有機物，促使腐殖質的形成和養分釋放。

　　（4）酸堿度（pH）：牛糞發酵時大部分微生物適合在中性和微堿性條件下活動。所以在堆肥中要加入適量的石灰或鈣鎂磷肥中和有機質分解產生的有機酸。

　　（5）碳氮比（C/N）：一般微生物分解有機質的適宜碳氮比是25:1。而作物秸稈的碳氮比較大（60～100:1）。因此，在堆積時適當加入人糞尿、牲畜糞尿等含氮多的物質，調節碳氮比，以利微生物的活動，促進堆肥有機物質的分解，縮短堆肥腐熟時間。