為什么用秸稈作為肥料前要經過堆肥發酵呢？這是因為在自然條件下，由于我國人均占有耕地少，復種指數高，倒茬間隔時間短，加之秸稈碳氮比高，不易腐爛。另外北方的機械化秸稈還田常因翻壓量過大，土壤水分不適，施氮肥不夠，翻壓質量不好等原因，出現妨礙耕作，影響出苗，燒苗，病蟲害增加，雜草過多等現象，有的甚至造成減產。
因此秸稈直接還田目前只能用于少量秸稈的還田，更多的秸稈在施用前經過堆肥發酵是很有必要的，秸稈堆肥發酵過程中所產生的高溫能直接殺死其中的病菌、害蟲、蟲卵、草籽等有害生物，將作物無法直接吸收粗纖維和蛋白質分解和轉化成易吸收的有機養分，無害化解決秸稈帶來的環境污染問題。
秸稈堆肥發酵的優點有：
(1)方法簡便。干、鮮秸稈、雜草均可堆制。
(2)就地堆制，不需加土，省時省工省力，而且升溫快，腐熟快，一般3天后堆內溫度即可達到50～70℃，鮮秸稈14天，干秸稈18～20天即可腐熟，不受季節限制，全年均可堆制，且不需翻堆，一次成肥。
(3)在秸稈堆積、腐熟的過程中，產生的高溫可殺死殺傷大部分病菌和害蟲，減輕病原基數，降低蟲口密度，還可以產生一些有益微生物，從而減輕作物病害的發生，如小麥的根腐病、紋枯病，西瓜重茬病、馬鈴薯晚疫病等。同時也減輕了蟲害和草害的發生。還具有解決重茬、固氮、解磷鉀、改善農作物品質等多種功效。
另外，根據實驗資料報告，如果每畝做為基施施入250千克秸稈有機肥，其肥效相當于100千克碳酸氫銨、50千克過磷酸鈣和20千克的硫酸鉀，而且還具有良好的生態效益，可減少化肥用量的40%～50%，降低土壤和農作物中硝酸鹽、亞硝酸鹽的積累。該項技術的成功應用不僅解決了作物秸稈有效利用上的難題，而且解決了長期使用化肥所引起的日益嚴重的農產品污染問題，很適合在農村大范圍推廣。
另外，根據實驗資料報告，如果每畝做為基施施入250千克秸稈有機肥，其肥效相當于100千克碳酸氫銨、50千克過磷酸鈣和20千克的硫酸鉀，而且還具有良好的生態效益，可減少化肥用量的40%～50%，降低土壤和農作物中硝酸鹽、亞硝酸鹽的積累。該項技術的成功應用不僅解決了作物秸稈有效利用上的難題，而且解決了長期使用化肥所引起的日益嚴重的農產品污染問題，很適合在農村大范圍推廣。
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