傳統的堆肥發酵一般采用的是厭氧堆肥，厭氧堆肥一般是將糞便在野外堆機，采用這種堆肥方式不僅占地面積大，所需時間長而且無 害化程度低，已經漸漸被淘汰。目前一般采用好氧堆肥工藝，這種堆肥方式具有處理量大、占地面積小、處理后無害化程度高、便于清潔、機械化程度高、人工成本低等特點。畜禽糞便的好氧堆肥通常由前處理、一次發酵（主處理或主發酵）、二次發酵（后熟發酵）以及后續加工、貯藏等等工序組成。

　　堆肥發酵工藝流程

　　1、堆肥發酵前處理階段

　　從養殖場里面產出的畜禽糞便中水分含量大（含水量通常在70%～90%），在進行堆肥前必須用固液分離機進行脫水處理，沒有進行脫水處理的糞便會因通氣不良而出現堆肥溫度上升慢、臭氣產生量大，并且搬運攪拌也不方便等。

　　因此前處理的主要就是進行水分含量、材料通氣性和碳氮比的調節。

　　同時也可以順便除去那些較大而不適合堆肥的物質如鐵絲、磚瓦、石塊、塑料膜、繩索等雜質，否則會影響以后的攪拌、通氣等過程。

　　2、堆肥發酵一次發酵階段

　　畜禽糞便的一次發酵通常在特定的發酵場所（槽，池等）或裝置內進行，在堆肥過程中通過翻堆機的上下翻拋，堆肥內部通入氧氣 ，促進好氧性微生物活動。

　　由于堆肥原料、空氣和土壤存在著大量的各種微生物，所以后很快就進入發酵階段。首先微生物利用易分解性有機物進行繁殖，產生二氧化碳，同時產生熱量使堆肥升溫。

　　發酵初期有機物質的分解主要是靠中溫型微生物（30～40度）進行的，隨著溫度的升高，適宜生活在45～65度的高溫菌逐漸取代了中溫型微生物。在此溫度下，各種病原菌、寄生蟲卵、雜草種子等均可被滅殺。

　　一般由溫度開始上升到溫度開始下降的階段稱為一次發酵階段。為了提高無害化效果，這一階段至少應保持10天以上。一般情況下，該階段牛糞為4～5周、豬糞3～4周、雞糞2～3周左右。

　　3、堆肥發酵二次發酵階段

　　將經過一次發酵后的堆肥送到二次發酵場地繼續堆腐，使一次發酵中尚未完全分解的易分解的、較難分解的有機物質繼續分解，并 將其逐漸轉化為比較穩定和腐熟的堆肥。

　　一般二次發酵的要求不如一次發酵條件嚴格，堆積高度可以在1～2m，只要有防雨、通風措施即可。在堆積過程中每1～2周要進行一次翻堆。

　　二次發酵的時間長短視畜禽糞便各類和添加水分調節材料性質而定，一般堆肥內部溫度降至40度以下時就表現二次發酵結束，即可以進行堆肥風干和后續加工了，通常，純畜禽糞便堆肥二次發酵需要1個月左右的時間，添加等秸稈類材料時二次發酵在2～3個月左右，而添加木質材料如鋸末、樹皮等情況下二次發酵需要在那6個月以上的時間。
 

　　堆肥發酵中注意事項

　　在堆肥中額外加入微生物，可以加速畜禽糞便及秸稈類物質的快速分解和腐熟，大大提高生產效益。但如果堆肥所需的條件達不到，加再多的微生物也會起不到發酵效果。