牛糞堆肥發酵過程可分為以下4個階段

　　1、發熱階段

　　牛糞堆肥發酵初期，堆肥中的微生物以中溫、好氣性的種類為主，最常見的是無芽孢細菌、芽孢細菌和霉菌。它們啟動堆肥的發酵過程，在好氣性條件下旺盛分解易分解有機物質（如簡單糖類、淀粉、蛋白質等），產生大量的熱，不斷提高堆肥溫度，從20℃左右上升至40℃，稱為發熱階段，或中溫階段。

　　2、高溫階段

　　隨著溫度的提高，好熱性的微生物逐漸取代中溫性的種類而起主導作用，溫度持續上升，一般在幾天之內即達50℃以上，進入高溫階段。在高溫階段，好熱放線菌和好熱真菌成為主要種類。
　　它們對牛糞堆肥中復雜的有機物質（如纖維素、半纖維素、果膠物質等）進行強烈分解，熱量積累，堆肥溫度上升至60-70℃，甚至可高達80℃。
　　隨即大多數好熱性微生物也大量死亡或進入休眠狀態（20d以上），這對加快堆肥的腐熟有很重要的作用。

　　牛糞堆肥不當時，只有很短的高溫期，或者根本達不到高溫，因而腐熟很慢，在半年或者更長時期內還達不到半腐熟狀態。

　　3、降溫階段

　　當高溫階段持續一定時間后，纖維素、半纖維素、果膠物質大部分已被分解，剩下很難分解的復雜成分（如木質素）和新形成的腐殖質，微生物的活動減弱，溫度逐漸下降。

　　當溫度下降到40℃以下時，中溫性微生物又成為優勢種類。

　　如果降溫階段來的早，表明堆制條件不夠理想，植物性物質分解不充分。這時可以翻堆，將堆積材料拌勻，使之產生第二次發熱、升溫，以促進牛糞堆肥的腐熟。

　　4、腐熟保肥階段

　　牛糞堆肥腐熟后，體積縮小，堆溫下降至稍高于氣溫，這時應將堆肥壓緊，造成厭氣狀態，使有機質礦化作用減弱，以利于保肥。

　　傳統牛糞有機肥料堆肥發酵過程一般需要45-60天的時間。這是因為在堆肥前期的升溫階段以及高溫階段會殺死植物致病病原菌、蟲卵、雜草籽等有害微生物，但此過程中微生物的主要作用是新陳代謝、繁殖，而只產生很少量的代謝產物，并且這些代謝產物不穩定也不易被植物吸收。

　　到后期的降溫期，微生物才會進行有機物的腐殖質化，并在此過程中產生大量有益于植物生長吸收的代謝產物，這個過程需要45-60天。經此過程的堆肥可以達到三個目的，一是無害化；二是腐殖質化；三是產生大量微生物代謝產物如各種抗生素、蛋白類物質等。

　　使用人元生物牛糞發酵劑進行牛糞發酵，可以在發酵工序不變的情況下，使牛糞發酵時間由45-60天縮短至10-20天完成發酵，一般24小時內即可達到理想的發酵溫度（60-70℃），發酵效率提高了3倍，適合快速處理牛糞發酵時使用。