有機肥原料來源廣泛，原料種類繁多，幾乎所有的有機物都能提供各種營養物質，都是好的有機肥原料。
有機肥的常用原料可分為秸稈肥、糞便、沼肥、土壤雜肥、泥炭、餅肥、綠肥、海肥、腐植酸等九大類，每種可分為幾個品種。
1、秸稈肥料：我國是世界上農業生產大國，許多農作物的總產量一直處于前列。隨著科學技術的進步和物質投入的不斷提高，各種作物的單產不斷提高。因此，各種秸稈資源來源廣泛，數量巨大。
它是一種取之不盡、取之不盡、用之不竭的寶貴農業資源，秸稈中的養分含量很高。秸稈主要包括稻草、麥秸、玉米秸稈、高粱秸稈、甘薯藤、大豆秸稈、油菜秸稈、花生秸稈、棉稈等。
2、糞便和尿液：糞便和尿液包括人的糞便和尿液、牲畜糞便和尿液、家禽糞便和尿液、其他動物糞便、糞便和尿液是所有動物的排泄物，含有豐富的有機物和作物所需的各種營養成分，屬于優質全肥。
3、沼肥：根據發酵過程的發酵規模和發酵原料的不同，可分為農戶沼肥、畜禽場沼肥、工業廢渣沼肥、城市公廁、污水沼肥等，根據其形態和特點，可分為沼渣肥和渣肥。
4、土壤肥料：土壤肥料主要包括泥肥、肥土、灰肥、動物殘渣、廢肥等。
5、泥炭：泥炭是一種特殊的具有一定厚度的天然有機礦體，它是在古今地理、生物和氣候條件的綜合作用下，經過多年半分解植物的積累而形成的。
6、餅肥：餅肥主要包括大豆餅、花生餅、菜籽餅、棉籽餅等。
7、綠肥：綠肥種類繁多，種植和利用方法有很大差異，生產中經常使用不同的名稱來區分栽培綠肥和野生綠肥、豆科綠肥和非豆科綠肥、水生綠肥、多年生綠肥、木本綠肥、冬季綠肥和夏季綠肥、特種綠肥和兩種綠肥。
8、海洋肥料：海洋肥料是以海洋生物為主要成分的有機肥。海洋肥料分為植物海肥、動物海肥和礦物海肥。植物海肥主要包括海帶、巨褐藻、綠藻和紅藻。
動物海肥主要包括魚、蝦、蟹、貝類等海洋生物產品加工廢棄物或不實用的海洋生物殘余物，包括魚頭、魚類內臟、魚鱗、蝦糠、蛤皮、牡蠣皮、海五星、海風、海葡萄、海乳、紅海螺、鯡魚等。
9、腐植酸：腐植酸不僅可用于單位肥料，還可形成以腐殖酸為主體的復混肥。根據腐殖酸的形成和來源，可分為原腐植酸、再生腐植酸和合成腐植酸。
正是由于原料的特殊性，使有機肥富含有機質、氨基酸、蛋白質等有機養分，同時也含有氮、磷、鉀等無機養分，在我國農業發展過程中發揮著重要作用。
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