豬糞堆肥發酵是殺死有機肥原料內植物致病病原菌、蟲卵、雜草籽等有害微生物的有效手段。這是因為在堆肥前期的升溫階段微生物的主要作用是新陳代謝、繁殖，而只產生很少量的代謝產物，并且這些代謝產物不穩定也不易被植物吸收。

　　到后期的降溫期，微生物才會進行有機物的腐殖質化，并在此過程中產生大量有益于植物生長吸收的代謝產物，這個過程需要45-60天。經此過程的堆肥可以達到三個目的，一是無害化；二是腐殖質化；三是產生大量微生物代謝產物如各種抗生素、蛋白類物質等。

　　豬糞堆肥發酵過程分4個階段

　　一是發熱階段

　　豬糞堆肥制作初期，堆肥中的微生物以中溫、好氣性的種類為主，最常見的是無芽孢細菌、芽孢細菌和霉菌。它們啟動堆肥的發酵過程，在好氣性條件下旺盛分解易分解有機物質（如簡單糖類、淀粉、蛋白質等），產生大量的熱，不斷提高堆肥溫度，從20℃左右上升至40℃，稱為發熱階段，或中溫階段。

　　二是高溫階段

　　隨著溫度的提高，好熱性的微生物逐漸取代中溫性的種類而起主導作用，溫度持續上升，一般在幾天之內即達50℃以上，進入高溫階段。
　　在高溫階段，好熱放線菌和好熱真菌成為主要種類。它們對豬糞堆肥中復雜的有機物質（如纖維素、半纖維素、果膠物質等）進行強烈分解，熱量積累，堆肥溫度上升至60-70℃，甚至可高達80℃。隨即大多數好熱性微生物也大量死亡或進入休眠狀態（20d以上），這對加快堆肥的腐熟有很重要的作用。

　　豬糞堆肥不當時，只有很短的高溫期，或者根本達不到高溫，因而腐熟很慢，在半年或者更長時期內還達不到半腐熟狀態。

　　三是降溫階段

　　當高溫階段持續一定時間后，纖維素、半纖維素、果膠物質大部分已被分解，剩下很難分解的復雜成分（如木質素）和新形成的腐殖質，微生物的活動減弱，溫度逐漸下降。當溫度下降到40℃以下時，中溫性微生物又成為優勢種類。

　　如果降溫階段來的早，表明堆制條件不夠理想，植物性物質分解不充分。這時可以翻堆，將堆積材料拌勻，使之產生第二次發熱、升溫，以促進豬糞堆肥的腐熟。

　　四是腐熟保肥階段

　　豬糞堆肥腐熟后，體積縮小，堆溫下降至稍高于氣溫，這時應將堆肥壓緊，造成厭氣狀態，使有機質礦化作用減弱，以利于保肥。

　　豬糞堆肥實際就是廢棄物穩定化的一種形式，但它需要特殊的濕度、通氣條件和微生物以產生適宜的溫度。
　　研究表明，在一定溫度下加熱一段時間可以破壞病原體、雜草種子。通常在60-70℃（濕熱）的溫度下，加熱5-10min。可以破壞非芽孢細菌和芽孢細菌的非休眠體的活性。利用加熱滅菌，在70℃條件下加熱30min可以消滅污泥中的病原體。但在較低溫度下（50-60℃），一些病原菌的滅活則可長達60天。因此堆肥過程中保持60℃以上溫度一段時間是必須的。在合理堆肥后殘留的有機物分解率較低、相對穩定并易于被植物吸收。堆肥后臭味可以大大降低。

　　豬糞堆肥有機質的礦質化，可為作物和微生物提供速效養分，為微生物活動提供能源，并為堆肥有機質的腐殖化準備基本原料。

　　豬糞堆肥以好氧性微生物活動為主時，有機質迅速礦化生成較多的二氧化碳、水及其它養分物質，分解速度快而徹底，并放出大量熱能；以嫌氣性微生物活動為主時，有機質的分解速度慢，且往往不徹底，釋放熱能少，其分解產物除植物養分外，尚易積累有機酸及CH4、H2S、PH3、H2等還原性物質，當其達到一定程度時，則對作物生長不利甚至有害。因此堆肥發酵期間的翻堆也是為了轉換微生物活動類型，以消除有害物質。

　　豬糞堆肥過程中的各種生物、微生物的死亡、更替及物質形態轉化都是同時進行的，無論是從熱力學、生物學還是物質轉化角度，這些反應都不是幾天或十幾天這么短時間能夠完成的，這也是為什么即使各種溫度、濕度、水分、微生物等條件都控制的很好的前提下，堆肥仍要經歷45-60天時間的原因。

　　針對發酵時間久這個問題，使用人元生物公司生產的“豬糞發酵劑”，發酵工序不變的情況下，可以使豬糞發酵時間大大縮短，一般24小時內即可達到理想的發酵溫度（60-70℃），10-20天即可發酵完成，發酵效率提高了三倍，適合豬糞快速發酵時使用。